全自動次氯酸鈉發生器最主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的很強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其次次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。再次次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使細胞喪失活性而死亡。

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